So với cisplatin, lợi ích lớn nhất của carboplatin là giảm tác dụng phụ, đặc biệt là trên thận. Buồn nôn và nôn ít nghiêm trọng và dễ dàng kiểm soát hơn.

Tác dụng phụ chính của carboplatin là ức chế tạo máu. Điều này gây ra sụt giảm nghiêm trọng số lượng tế bào máu mà tủy xương sản xuất, đôi khi giảm xuống chỉ còn 10% so với bình thường. Ức chế tủy xương thường xảy ra 21-28 ngày sau đợt điều trị đầu tiên, sau đó số lượng các tế bào máu và tiểu cầu trong máu bắt đầu ổn định, thường đạt gần đến giá trị trước khi điều trị. Sự sụt giảm các tế bào bạch cầu (hạ bạch cầu) có thể gây ra nhiều biến chứng, và đôi khi  cần được điều trị bằng thuốc như filgrastim. Biến chứng đáng chú ý nhất của hạ bạch cầu là tăng nguy cơ nhiễm trùng bởi các vi khuẩn cơ hội khiến bệnh nhân phải nhập viện để điều trị thuốc kháng sinh.

Carboplatin yếu hơn cisplatin, tùy thuộc vào loại ung thư, carboplatin chỉ có thể đạt được 1/8 đến 1/45 hiệu quả. Liều tiêu chuẩn trên lâm sàng của carboplatin thường là 4:1 so với cisplatin.